V květnu 1998 byl generál Jiří Šedivý jmenován prezidentem republiky Václavem Havlem náčelníkem Generálního štábu AČR. Jeho hlavním úkolem bylo provést v armádě takové změny, aby se splňovala požadavky ke vstupu do NATO.

Profesionální kariéru vojáka z povolání začal Jiří Šedivý v roce 1971 po absolvování Vojenského gymnázia Jana Žižky z Trocnova v Moravské Třebové. V letech 1971 až 1975 vystudoval Vysokou vojenskou školu pozemního vojska ve Vyškově. Do roku 1989 byl členem KSČ.

Koncem roku byl odeslán do Bosny a Hercegoviny k výkonu funkce velitele kontingentu AČR v misi IFOR. V prosinci roku 2002 ukončil výkon funkce a k 31. prosinci 2002 odešel do zálohy v hodnosti armádního generála.

V srpnu 2003 založil vlastní konzultační společnost Generals s. r. o., později působil jako konzultant ve firmě Euroenergy. V roce 2009 kandidoval jako nestraník za Evropskou demokratickou stranu v europarlamentních volbách 2009. Zvolen nebyl.

Je ženatý, má dvě dcery.